La historia gira entorno al conflicto entre dos "facciones" que lucharon entre sí por cientos de años, pero la narración del juego comienza en las cruzadas del siglo XII. Por un lado están los templarios, que en apariencia son una de las muchas órdenes que luchan junto a los cristianos en la Cruzada, pero su objetivo es conseguir el llamado Fruto del Edén, un artefacto antiguo con el cual pretenden apoderarse de las mentes de todas las personas y obtener una sociedad civilizada, que viva en paz

Esta entrega está ambientada en el Renacimiento, pensado como segunda parte de una trilogía. Parte con un nuevo personaje llamado Ezio Auditore Da Firenze, un joven de clase acomodada de la sociedad de la República de Florencia. Ezio se ve envuelto en una lucha ancestral que él ni siquiera sabía que existía, al ser testigo de la ejecución de su padre y de sus dos hermanos, a causa de una conspiración de los templarios. Es acusado de traición y se ve obligado a abandonar Florencia con ayuda de Pa

La historia de Ezio Auditore continúa en 1499, donde él sale de la Bóveda, confundido por lo que vio en el interior. Escapa de Roma con su tío Mario Auditore y llega a Monteriggioni. Una vez en casa, Ezio es consolado por la posibilidad de que su venganza personal y sus días como un asesino han terminado. Pero Monteriggioni es atacada por Los Borgia quienes, además de matar a Mario y secuestran a Caterina Sforza (una aliada que Ezio conoce en AC II) roban El Fruto del Edén.

El juego continúa la historia de Desmond desde los eventos de Assassin's Creed: Brotherhood, donde él entra otra vez al Animus en forma segura conocida como Black Rooms. Ezio Auditore, ya en avanzada edad pero con mucha más sabiduría y maestría, parte de Roma en un viaje al origen de la orden de los Asesinos (Masyaf) y de su antecesor, Altaïr, para encontrar los secretos que este dejó ocultos. Estos secretos están escondidos en una biblioteca cerrada con 5 llaves.

La historia tiene lugar en la Guerra de Independencia estadounidense, alrededor del año 1750. La guerra entre Asesinos y Templarios ha sido envuelta en la Guerra de independencia estadounidense. Un joven mestizo llamado Ratonhnhaké:ton (Connor Kenway, hijo del templario Haytham Kenway, nieto del capitán pirata y asesino Edward Kenway) es atraído hacia la lucha contra la tiranía, cuando su pueblo es atacado por colonizadores. A través de la historia del juego.

Las muestras tomadas del cuerpo de Desmond Miles después de su muerte han permitido a Abstergo Industries seguir explorando sus memorias genéticas utilizando el Animus y las recién descubiertas habilidades de computación en nube. El personaje anónimo que controla el jugador es contratado por la división de entretenimiento de Abstergo para tamizar a través de los recuerdos de Edward Kenway, un pirata del siglo XVIII, y el abuelo de Connor Kenway.

Nacido como esclavo, Adéwalé encuentra la libertad como pirata a bordo del Jackdaw, siendo el segundo al mando del capitán Edward Kenway. Quince años después, se convierte en un entrenado asesino y se encuentra a sí mismo náufrago en Santo Domingo sin armas ni tripulación, empezando una nueva aventura por sí solo.

Es un juego ambientado en París durante los revueltos tiempos de la Revolución francesa, por primera vez con un modo cooperativo para 4 jugadores que originalmente se lanzaría el 28 de octubre de 2014, pero Ubisoft decidió atrasarlo para afinar detalles y de esta manera salir al mercado conjuntamente con Assassin's Creed Rogue el 13 de noviembre para Europa y el 11 de noviembre para EUA, y con su contenido exclusivo mas la explosiva misión de la «Revolución química».

En diciembre de 2014 se filtraron información e imágenes de un nuevo juego Assassin's Creed, de nombre en código Victory, el cual fue confirmado posteriormente por Ubisoft. Victory fue editado a finales de 2015 para Microsoft Windows, PlayStation 4 y Xbox One y fue desarrollado por Ubisoft Quebec. Está ambientado en 1868 en el Londres victoriano y tiene un nuevo asesino protagonista